Java web Start の GUI から、「File」→「設定」で以下の Windowが上がってくるので「詳細」タブをクリック。
「アプリケーションフォルダ」の部分で「フォルダをクリア」を通常を押せばキャッシュがクリアされる。
が、ここのボタンが グレーアウトして押せないにもかかわらず、キャッシュが残ったままになっている事があった。
その時は、
C:\Documents and Settings\<ユーザー名>\Application Data\IBM\Java\Deployment\cache
以下にあったフォルダーを手動で全削除して大丈夫だった。(IBMの Java Web Startの場合）